Şehzade Mustafa, Osmanlı hanedanında önemli bir figür olarak bilinir. 1515 yılında Kanuni Sultan Süleyman'ın şehzade olarak Saruhan'da (Manisa) görev yaptığı dönemde Mahidevran Sultan'dan doğmuştur. Dedesi Yavuz Sultan Selim'in vefatının ardından babası Sultan Süleyman ile birlikte Payitaht'a (İstanbul) gelmiştir. Bu nedenle, Şehzade Mustafa babasından sonraki veliaht şehzade olarak kabul görmeye başlamıştır.

Şehzade Mustafa'nın eşi 1525 Kırım doğumludur ve şehzadenin ölümünden sonra Pertev Mustafa Paşa ile evlendirilmiştir. Erkek çocukları, taht için gelecekte tehlike doğuracağı endişesiyle dedeleri Sultan Süleyman tarafından öldürtülmüştür.

Mustafa oldukça yetenekli bir şehzade idi. Hattat ve şair olarak birçok eseri bulunmaktadır. Manisa'da saray, cami, çeşme ve türbeler yaptırmıştır. İtalyan elçi Bernardo Navagero ve Fransız elçi Jean de Foret, Şehzade Mustafa'yı "iktidarı devralacak yaşa ve olgunluğa ulaşmış, dikkatli, tedbirli ve son derece eğitimli bir şehzade" olarak tanımlamışlardır. Hal ve hareketleri dedesi Yavuz Sultan Selim'e benziyordu.

Amasya'da bulunduğu sırada devrin alimlerinden olan Celalzade Salih Çelebi, Manisalı Senai Mehmet Çelebi, şair Lali Çelebi gibi değerli müderrislerden ilim tahsil etti. Şehzade hocaları tarafından çok sevilirdi. Hocasının, Mustafa Sururi Efendi'nin, Mustafa'nın katli üzerine padişahın verdiği hiçbir görevi kabul etmemiş ve padişahla bir daha görüşmemiştir. Sultan Süleyman'a yazdığı mektupta; "Cihan padişahı gibi adil, Atası Sultan Selim gibi yavuz ve korkusuz, Büyük atası Mehmet gibi zeki, Devlet-i Aliye'nin gördüğü en parlak şehzade" olduğunu belirterek Şehzade Mustafa'nın başarısını anlatmıştır.

Şehzade Mustafa veliaht şehzade idi, bu nedenle gözde şehzade olarak bilinirdi. Fakat padişah haremine Hürrem Sultan'ın girmesiyle işler değişmeye başladı. Mahidevran ve dört şehzade doğuran Hürrem Sultan arasında kendi çocuklarının gelecekte padişah olması konusunda bitmek bilmeyen çekişmeler başladı. Hürrem Sultan'ın etkisiyle Manisa'dan Amasya'ya sürülen Şehzade Mustafa'nın yerine üvey kardeşi Hürrem'in büyük oğlu Şehzade Mehmet getirildi. Askerler bu duruma tepki gösterdi. Padişah, ordunun gazını almak için Şehzade Mustafa'nın veliahtlığının sürdüğünü, doğu sancaklarının güvenliği için Amasya Sancak Beyliği'ne gönderildiğini halka anlatılmasını istedi. Şehzade Mehmet'in 1543'te ani ölümü üzerine Hürrem'in ikinci çocuğu olan Şehzade Selim (padişah olduğunda Sarı Selim olarak anılacak) Saruhan Sancak Beyliği'ne getirilirken, Şehzade Mustafa'nın da yeri değiştirilerek Konya Sancak Beyliği'ne getirilmiştir.

Taht yarışının iyice kızıştığı sarayda Sadrazam Damat Rüstem Paşa ve Hürrem Sultan yakın ilişki içindeydi. Kaynakların belirttiğine göre Rüstem Paşa sahte istihbarat raporları üreterek Sultan Süleyman'a sunuyor, her mektuptan sonra Sultan Süleyman inanmak istemiyor fakat her mektup kafasını karıştırıyordu. İlk önceleri mektuplara itibar etmeyen Sultan, artık bu tür mektupların kendisine getirilmemesini ister. Fakat Şehzade Mustafa yanına yerleştirilen devlet adamları sayesinde kumpasa gelmiş, akıl hocalarının etkisiyle kandırılmıştır. Akıl hocaları, Şehzade Mustafa'ya padişahın tahtı kendisine bırakacağını, lakin Rüstem Paşa'nın buna engel olduğunu, sakal bırakması ve tuğ dikmesi durumunda babasının niyetini anlayarak padişahlığı kendisine devredeceğini aksi halde padişahın, Şehzade Mustafa'nın niyetini anlamayacağını söylediler.

Sultan Süleyman'ın bu durumu öğrenmesi çok sürmedi. Bunun devlete isyan olduğunu düşünerek, zamanın İstanbul Kadısı Ebu Suud Efendi'den tavsiye istedi. Kaynaklara göre Hürrem Sultan'ın etkisiyle Ebu Suud Efendi, "bu durumdaki köleye ölünceye kadar işkence yapılması uygundur" diyerek Şehzade Mustafa'nın katline icazet göstermiştir.

Sadrazam Rüstem Paşa, 1553 senesinde İran hareketinden sonra Aksaray civarında ordusunu durdurdu. Yeniçeriler arasında yaydığı dedikodu ile padişahın yaşlandığını, Şehzade Mustafa'yı padişah olarak görmek istediklerini, padişahın Dimetoka'da ikamet etmesi gerektiği dedikodusunu yaydı. Bu ve buna benzer birçok haber üzerine Konya'da Otağ-ı Hümayun'da bulunan Sultan Süleyman, elini öpmek için gelen Şehzade Mustafa'yı yedi dilsiz ve sağır cellat tarafından boğdurarak katlettirdi. Katli şer-i hükümlere uygun olduğu yolunda halen şüpheler vardır.